Edition du 28-09-2022


Chargé de projet en bioanalyse/bioinformatique H/F Anses (Maisons-Alfort 94) CDI


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Chargé de projet en bioanalyse/bioinformatique H/F Anses (Maisons-Alfort 94) CDI



Chargé de projet en bioanalyse/bioinformatique H/F Anses (Maisons-Alfort 94) CDI - ANSES

L'ANSES (agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail) assure des missions de veille, d'expertise, de recherche et de référence sur un large champ couvrant la santé humaine, la santé et le bien-être animal, et la santé végétale. Elle offre une lecture transversale des questions sanitaires et appréhende ainsi, de manière globale, les expositions auxquelles l'Homme peut être soumis à travers ses modes de vie et de consommation ou les caractéristiques de son environnement, y compris professionnel. Basée sur le principe de la séparation entre l'évaluation et la gestion des risques, elle informe les autorités compétentes, répond à leurs demandes d'expertise et les alerte en cas de crise sanitaire. L'Agence exerce ses missions en étroite relation avec ses homologues européens.


DateRecruteurFonctionLocalisationRéférence de l'offre
02-08-2022ANSESBiologiste - Biochimiste France-IDF-Paris 2022-145-MYPHARMA/ MPE-59822


Description de l’annonce emploi


L’Anses recrute un/une chargé de projet en bioanalyse/bioinformatique (H/F)


Poste basé à Maisons-Alfort (94)
- Contrat à durée indéterminée de droit public, Détachement, Affectation


Vos missions


Sous l’autorité hiérarchique du chef d’unité et de son adjoint, vous participerez au développement des outils de gestion des données de surveillance de l’unité et à leur exploitation, plus particulièrement celle de notre réseau de 130 laboratoires partenaires contribuant à centraliser à l’Anses, des données de caractérisation de Salmonella et de Listeria isolées de prélèvements de la chaîne agro-alimentaire.


Cette activité de surveillance permet 1) de caractériser la diversité des souches circulant dans les filières agro-alimentaires, 2) de décrire l’évolution spatio-temporelle de ces contaminations, 3) d’étudier les liens potentiels entre les souches reçues, ainsi qu’avec des souches isolées par d’autres structures externes (autres laboratoires de l’Anses, CNR notamment) en particulier lors d’investigations sanitaires, 4) de constituer un patrimoine biologique à disposition de la communauté scientifique pour les travaux d’évaluation des risques et de R&D aux niveaux national ou international.


Au sein d’une équipe de scientifiques et de techniciens, vous serez le point de contact de référence de l’unité avec la Direction Technique et Informatique (DTI) et le Service Partagé d’Appui et d’Analyse des Données (SPAAD), deux services internes d’appui aux unités techniques pour le développement des systèmes d’information


Rattaché(e) au Laboratoire de sécurité des aliments, site de Maisons-Alfort / Unité Salmonella et Listeria (SEL) / Equipe Surveillance


Votre équipe


L’unité est composée de trois équipes chargées de développer des activités respectivement, de référence, de surveillance et de recherche sur deux pathogènes bactériens impliqués dans les infections humaines d’origine alimentaire : Salmonella et Listeria.


L’activité de surveillance vise à apprécier l’évolution spatio-temporelle des contaminations de la chaîne agro-alimentaire par Salmonella et Listeria, au niveau national. L’activité de référence consiste à apporter un appui scientifique et technique aux laboratoires officiels, aux pouvoirs publics et aux instances normatives. Elle se décline aux niveaux national (mandat de LNR Listeria monocytogenes et activité associée au LNR Salmonella, Anses de Ploufragan-Plouzané) et européen (mandat de LRUE Listeria monocytogenes). L’activité de Recherche vise principalement à comprendre l’adaptation de ces bactéries à leurs niches écologiques. Ces trois activités sont mises en œuvre en interaction au sein de l’unité et contribuent in fine à produire des données utiles pour l’évaluation des risques.


Votre quotidien


Votre mission principale portera sur l’exploitation des données collectées dans le cadre des activités de surveillance (résultats de typage conventionnel, moléculaire ou génomique, données épidémiologiques).


En étroite collaboration avec les utilisateurs des données, vos missions seront :
• D’apporter un appui technique aux services transversaux (SPAAD et DTI) dans la gestion des systèmes d’information internalisés au sein de l’unité SEL, destinés à gérer, comparer, analyser et partager les données selon le contexte (surveillance, recherche, investigation, mise en collection): application ACTEOLAB sous Oracle pour l’optimisation des échanges avec les laboratoires partenaires, via une interface Web ; base de données de surveillance de l’unité et indicateurs sanitaires sous Python, logiciel LABCOLLECTOR pour la gestion des collections de référence, scripts internes sous R mis en place pour l’analyse statistique des données,
• D’être force de proposition dans l’évolution de ces outils pour optimiser les flux et l’exploitation des données, et promouvoir l’interopérabilité des bases de données internes à l’Agence ainsi qu’avec des bases externes de partenaires nationaux (CNR) ou européens (EFSA),
• D'impulser et de mener des analyses des données de surveillance, notamment par des approches biostatistiques sur données génomiques.
• De contribuer à produire les données brutes de séquençage et conduire les analyses de génome en routine et en urgence lors d’épisodes toxiinfectieux alimentaires


L’ensemble de vos activités se déroulera en interaction avec les deux autres équipes de l’unité.
L’ensemble des données générées sont amenées à être exploitées dans des communications lors de congrès ou dans des publications nationales et internationales.


Votre profil


Formation et expérience requises :
- Master/Doctorat en bioinformatique / analyse génomique bactérienne - Minimum bac + 3
- Expérience de la gestion de systèmes d’informations


Compétences :
- Connaissances pratiques des structures de bases de données relationnelle et non-relationnelle (requête et exploitation de données issues de bases Oracle et MongoDB)
- Connaissance des langages de programmation (Python, R)
- Maitrise des traitements et d'analyses statistiques de données, particulièrement dans le domaine de la génomique bactérienne
- Connaissance des principes d’analyses de données massive (ACP, PLS, analyses multifactorielles type MCA…)
- Connaissance des principes de la surveillance épidémiologique
. Capacité de coordination et de gestion de projet en interface avec de nombreux interlocuteurs
. Rigueur scientifique, esprit d’initiative, autonomie et réactivité
. Bonne appétence pour le travail d’équipe
. Anglais lu, parlé, écrit.


Informations complémentaires :


Date de prise de fonctions :
Dès que possible


Rémunération :
Selon l’expérience et le niveau de formation par référence aux grilles indiciaires des agences sanitaires ou selon statut particulier si fonctionnaire.


Conditions particulières :
Manipulation d’agents pathogènes de classe 2


Catégorie d’emploi :
Agent contractuel de catégorie 2 ou agent titulaire de catégorie A


Infos pratiques :
• RER D, métro ligne 8, bus lignes 104/107/181
• Parking sur place


L’Anses recrute, accompagne et valorise les talents dans leur diversité pour s’engager au service de la santé publique. Rejoignez-nous ! Travailler chez nous, c’est :
Contribuer au quotidien à notre collectif et à nos engagements.
Et pouvoir bénéficier :
- d’une politique de développement des compétences dynamique,
- de 10 jours de télétravail mensuels (sous conditions),
- de différents avantages (restaurant d’entreprise/tickets restaurant, RTT, offre d’activités via l’association du personnel).


Pour postuler :


Contact opérationnel : Jean-Charles Leblanc, Chef de l’Unité SEL jean-charles.leblanc@anses.fr Vincent Leclerc, responsable de l’équipe surveillance (01-49-77-26-38) vincent.leclerc@anses.fr
Adresser au plus tard le 29 août 2022, lettre de motivation + CV en indiquant la référence 2022-145-MYPHARMA à recrutement@anses.fr (vous pouvez utiliser directement le bouton ci-dessous)


 


 



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