Création d’une chaire de bio-informatique en oncologie à l’Oncopole de Toulouse

La Fondation Toulouse Cancer Santé, l’Inserm et l’Institut de Recherche Pierre Fabre, acteurs majeurs du campus de l’Oncopole de Toulouse, ont annoncé la création de la première chaire de bio-informatique en oncologie sur la recherche en immuno-oncologie.

A sa tête, ils ont nommé Vera Pancaldi, une physicienne experte de la biologie des systèmes, qui a pris ses fonctions à l’Inserm le 3 septembre 2018 au sein du Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse (CRCT). Au-delà de l’initiative lancée aujourd’hui, la stratégie globale de l’Inserm au CRCT, de l’Institut Universitaire du Cancer de Toulouse-Oncopole (IUCT-Oncopole) et de Pierre Fabre est de renforcer les partenariats publics et privés en oncologie.

Co-construction académique et industrielle

La création de la chaire bio-informatique en oncologie associe sur cinq ans la Fondation Toulouse Cancer Santé, l’Inserm et l’Institut de Recherche Pierre Fabre (IRPF) dans une démarche de co-construction académique et industrielle relevant de la recherche en immuno-oncologie et de la médecine translationnelle à l’Oncopole de Toulouse.

Selon le protocole d’accord et la convention de chaire, l’Institut de Recherche Pierre Fabre et la Fondation Toulouse Cancer Santé investiront chacun 1 million d’euros sur cinq ans (200 000€ par an). La Chaire sera intégrée aux équipes du CRCT au sein du bâtiment de l’Inserm à l’Oncopole, qui fournira les plateaux techniques et participera également à hauteur de 335 000€ au projet.
La gouvernance de la Chaire sera assurée par un comité scientifique tripartite se réunissant au moins une fois par an. Il sera composé de deux membres IRPF, de deux membres représentant l’Inserm et deux membres désignés par la Fondation Toulouse Cancer Santé.

Une expertise en bio-informatique au coeur de la collaboration

La Chaire sera occupée par Vera Pancaldi, chercheure d’envergure internationale, dotée d’un profil innovant en bio-informatique et en biologie des systèmes. Ses travaux actuels portent sur l’hétérogénéité cellulaire et l’architecture 3D du génome, au sein du département de Life Science dans le Computational Biology Group du Barcelona Supercomputing Center (BSC).
Avec la Chaire, la volonté est d’avoir une interlocutrice leader en bio-informatique pour le CRCT, qui souhaite devenir un centre expert dans la gestion des « data » en oncologie. Vera Pancaldi aura donc comme première mission de monter une équipe de cinq spécialistes en bio-informatique (niveau Mastère et PhD) pour constituer un vivier de talents dans cette discipline en pleine expansion.

Sa force sera également d’occuper une place pivot dans la dynamique partenariale, à l’interaction des échanges entre le CRCT, l’IUCT-Oncopole et l’IRPF. Vera Pancaldi aura ainsi accès à la plate-forme technologique du CRCT, en particulier aux plateaux bio-informatiques nécessaires à ses recherches, ainsi qu’aux données des patients collectées par les médecins du site hospitalier. Elle travaillera aussi directement avec les spécialistes bio-informatiques de Pierre Fabre.
Grâce à cette Chaire à l’approche très concrète, l’ambition est d’accélérer le rythme de développement de nouveaux médicaments dans le sens d’une médecine personnalisée. Le CRCT et l’IUCT-Oncopole privilégient ainsi deux axes de collaboration : la collecte et l’analyse de données pour faciliter le choix thérapeutique et constituer des chaînes de « data » servant aux projets internes, ainsi que l’identification de nouveaux gènes qui seront de futurs biomarqueurs ou cibles thérapeutiques.

Un facteur d’attractivité pour la dynamique partenariale

En outre, la Chaire participera activement à la vie scientifique, aux publications et au rayonnement du CRCT et contribuera à hisser le campus toulousain à un niveau d’excellence international pour attirer les talents du monde entier. A son poste de titulaire de cette Chaire, Vera Pancaldi pourra y contribuer doublement. En premier lieu, elle continuera sa collaboration avec le département de Life Science du Barcelona Supercomputing Center (BSC), construit autour du « Mare Nostrum », un des supercalculateurs les plus puissant d’Europe. L’approche Big Data est un point fort d’expertise du BSC. Le défi à l’avenir sera d’exploiter de nouvelles approches de deep learning et d’Intelligence Artificielle (IA) avec les informaticiens et mathématiciens du site toulousain.

Ensuite, elle donnera une nouvelle impulsion à la dynamique de réseau du site toulousain. Car c’est depuis Toulouse dorénavant que Vera Pancaldi entretiendra la dynamique d’innovation du Cambridge Network Networks, un « Réseau des Réseaux » qu’elle a cofondé en septembre 2011, et qui rassemble aujourd’hui une communauté de 400 personnes intéressées par l’étude des réseaux.
Ces atouts contribueront à développer tout un écosystème et un vivier de talents, autour de la Chaire, sur le campus de l’Oncopole de Toulouse. L’arrivée de Vera Pancaldi n’est en ce sens qu’une première étape dans la collaboration de Pierre Fabre avec les structures académiques et privées de l’Oncopole, avec l’objectif à l’avenir d’accélérer les partenariats industriels dans un esprit « d’open innovation ».

Source : Pierre Fabre