Edition du 27-05-2020

IntegraGen collabore avec Google Cloud pour fournir ses outils d’analyse de données de séquençage à grande échelle

Publié le mardi 13 novembre 2018

IntegraGen collabore avec Google Cloud pour fournir ses outils d’analyse de données de séquençage à grande échelleIntegraGen, société spécialisée dans la transformation de données issues d’échantillons biologiques en information génomique et en outils de diagnostic pour l’oncologie, va collaborer avec Google Cloud pour la mise en ligne de ses outils avancés d’analyse génomique, SIRIUS™ et MERCURY™ sur la Google Cloud Platform. Ce partenariat permet le transfert et le traitement accéléré des données ainsi qu’une amélioration de leur sécurité pour les utilisateurs, cliniciens ou chercheurs.

« Collaborer avec Google Cloud nous permet de fournir à nos clients des solutions intégrées et puissantes, comme SIRIUS et MERCURY, pour analyser rapidement des données de génomiques à grande échelle », déclare Bérengère Génin, Directeur de la bio-informatique chez IntegraGen.

La collaboration entre Google Cloud et IntegraGen facilite la réalisation d’importants projets de recherche et aide l’analyse de données de séquençage de façon à déployer les approches de soins personnalisés. Contribuer ainsi à rendre ces outils disponibles est non seulement une opportunité de marché très significative, mais également une avancée majeure pour favoriser l’accès aux soins.

La collaboration entre IntegraGen et Google Cloud Platform inclut un support technique de Google Cloud et de son partenaire SFEIR pour l’intégration de SIRIUS et de MERCURY sur la plateforme. Les utilisateurs de ces logiciels peuvent désormais effectuer, en parallèle, leurs projets d’interprétation et accéder aux résultats rapidement. IntegraGen continue d’ajouter des fonctionnalités à chacun de ces outils tout en tirant partie de la richesse des outils de Google aussi bien dans le domaine du big data que dans celui de l’intelligence artificielle (IA). Par ailleurs, les deux sociétés continuent de travailler en étroite coopération pour se conformer aux plus stricts standards de sécurité et de confidentialité de traitement des données en Europe, et de se conformer aux régulations HIPAA aux États-Unis.

« Disposer du support de Google Cloud Platform pour faciliter l’interprétation en ligne des données de séquençage à grande échelle augmente la valeur des outils que nous avons développés », indique Bernard Courtieu, Directeur Général d’IntegraGen, « plus important encore, cela rend MERCURY et SIRIUS très largement disponibles et fait bénéficier nos clients des avantages de la Google Cloud Platform, considérée comme l’une des plus avancées au monde ».

MERCURY est un outil d’interprétation biologique en oncologie destiné à assister les biologistes et les oncologues dans la transformation de données brutes obtenues par séquençages à haut débit en un rapport d’analyse pour le diagnostic et l’utilisation clinique. MERCURY minimise la complexité, le temps et les coûts associés à l’analyse, l’interprétation et l’identification de variants génétiques pouvant être d’intérêt dans le choix de la stratégie thérapeutique d’un patient.

SIRIUS permet aux chercheurs d’analyser les jeux de données de séquençage de plusieurs individus ou de familles de façon intuitive et rapide pour identifier les variants d’intérêt en testant toutes les hypothèses de transmission, même les plus complexes. SIRIUS fournit aux chercheurs une interface qui allie une facilité d’utilisation et une rapidité d’analyse élevée malgré le volume considérable de données à traiter.

La solution qui a été conjointement développée utilise une suite complète des outils de Google Cloud Platform, incluant :

. Google Kubernetes Engine fournit une infrastructure flexible de haute performance assurant une connexion aux applications extérieures avec une haute disponibilité et une infrastructure élastique, autorisant l’exécution de tâches en parallèle et réduisant de manière drastique le temps de cycle de chacune d’entre elles.

. Google Compute Engine VMs et Google Cloud Storage fournissent les clusters à haute performance, améliorés par l’utilisation de SSDs locaux attachés aux nœuds de calcul, permettant une amélioration significative des performances des tâches nécessitant l’utilisation de fichiers temporaires ultra-volumineux.

. Google BigQuery, est un entrepôt de données cloud rapide, hautement adaptable et entièrement géré, destiné à l’analyse de données.

« Nous n’aurions jamais atteint un tel niveau de performance avec des solutions hébergées on-premise », ajoute Bérengère Genin, Directeur de la bio-informatique chez IntegraGen. « Les technologies de machine learning de Google Cloud nous permettent de faire un nouveau saut technologique en bâtissant nos propres modèles d’analyse directement sur la plateforme ».

Pour en savoir plus sur la collaboration entre IntegraGen et Google : https://cloud.google.com/customers/integragen/

Source : IntegraGen








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